Después de haber sido contaminadas con una misteriosa sustancia química, llamada Ooze, cuatro tortugas que viven en las alcantarillas de Nueva York se transforman y mutan, de repente, en grandes tortugas. Ahora pueden hablar y caminar como un ser humano. Entrenadas por una vieja pero sabia rata (el Maestro Splinter) las cuatro tortugas, Leonardo, Miguel Ángel, Donatello y Rafael, aprenderán técnicas ninja para enfrentarse a los más peligrosos criminales. Sus enemigos son los miembros de una secta llamada "El clan del pie", liderada por Shredder, quien quiere convertirse en el amo del mundo.
El malvado Shredder tiene un único y perverso plan: acabar con los cuatro superhéroes Tortugas Ninja Mutantes, Raphael, Leonardo, Michelangelo y Donatello. Para ello, secuestra al profesor Jordan Perry, creador del "moco verde" que hace posible la mutación de las Tortugas. Poco después, Shredder aplica la preciada sustancia a dos criaturas que acaba de reclutar, convirtiéndolos en terribles e imponentes guerreros ninja que lucharán e intentarán terminar con los superhéroes. Sin embargo, éstos logran hacen frente al peligroso criminal, con la ayuda de su maestro Splinter, la elegante periodista April y el repartidor de pizzas Keno.
Cuando un cetro mágico transporta por accidente a April al Japón del siglo XVII, los chicos se lanzan en su busca y aparecen, a través de la alcantarilla, ¡en la tierra de los samuráis! Ahora deben enfrentarse a Nortaga, el malvado Señor de la guerra, y recuperar el cetro que los transportará de vuelta a lo más profundo del metro de Nueva York.
Nueva York está en peligro debido a que Shredder y El Clan del Pie, dominan la ciudad y ejercen un férreo control sobre todo, incluyendo policía y políticos. Pero cuatro héroes, Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael, saldrán de las alcantarillas y con la ayuda de la reportera April y su compañero Vern Fenwick intentarán salvar la ciudad.
Michelangelo, Donatello, Leonardo y Raphael regresan junto con April O’Neil, Vern Fenwick y un nuevo vigilante enmascarado, Casey Jones, para combatir a unos villanos aún más malignos y poderosos. El súper villano Shredder escapa de prisión y une sus fuerzas con el científico loco Baxter Stockman y sus dos secuaces, Bebob y Rocksteady, para llevar a cabo un diabólico plan para conquistar el mundo. Mientras las Tortugas se preparan para enfrentarse a Shredder y su banda, tendrán que luchar también con un nuevo enemigo, incluso más poderoso, y también con intenciones malignas: El General Krang.