Jubei es un ninja errante que viaja por las tierras del antiguo Japón, prestando sus servicios ya sea por dinero... o por una noble causa. Sus increíbles habilidades con la espada le han ayudado todo este tiempo, pero un complot para derrocar al gobierno amenaza con terminar su viaje y posiblemente su vida. Cuando una pequeña villa sucumbe ante una terrible epidemia, un grupo de ninjas son enviados a investigar y descubren que las cosas no son lo que parecen. De repente son emboscados y eliminados por un terrible asesino, quedando con vida únicamente Kagero, una hermosa mujer ninja quien trae la muerte a todo aquel que toque su piel. Jubei rescata a Kagero de un destino mucho peor que la muerte y por esa razón, se ve involucrado en un red de traición, con poderosos enemigos cazándolo sin descanso. Pronto se enfrentará a un antiguo enemigo quien no tiene miedo a la muerte, y con el poder suficiente para destruir a Jubei y su mundo.