La serie gira en torno a las aventuras del personaje principal, Johnny Test, un niño de 11 años que vive junto con sus hermanas gemelas de 13 años, Susan y Mary, quienes son unas científicas. Ellos viven en la ciudad ficticia de Porkbelly, que está ubicada supuestamente en Ontario, Columbia Británica o California, dependiendo de la bandera que se iza en el colegio de Johnny. Él es habitualmente usado como un sujeto de pruebas para los inventos y experimentos de sus hermanas gemelas, que van desde aparatos hasta superpoderes. Sus experimentos, a menudo, causan problemas que Johnny debe resolver y, a veces, tiene que pelear contra villanos para lograrlo. Ocasionalmente, él salva al mundo con los inventos de sus hermanas.