Stand Alone Complex tiene lugar en el año 2030, en la ficticia ciudad japonesa de New Port. La historia sigue a los miembros de la Sección 9 de Seguridad Pública, un grupo de trabajo de operaciones especiales compuesto por ex oficiales militares y detectives de la policía. El manga presenta casos individuales que investiga la Sección 9, junto con una investigación más seria y en curso sobre el asesino en serie y pirata informático conocido solo como "El hombre que ríe".